В конце декабря 2022 года губернатор Астраханской области Игорь Бабушкин провёл совещание по вопросу содержания бездомных собак в «Экоприюте» с природоохранной прокуратурой, региональным минсельхозом, службой ветеринарии и зооволонтёрами. В связи с выявленными многочисленными недостатками глава региона обратился в правоохранительные органы с просьбой разобраться в происходящем и дать ему правовую оценку.
7 февраля региональным СУ СК России возбуждено уголовное дело по фактам мошенничества при исполнении 12 контрактов. По версии следствия, неустановленные лица из числа руководителей ООО «Экоприют» совместно с должностными лицами администрации МО «Город Астрахань» и региональной службы ветеринарии, зная, что условия контрактов не выполнены, подписали акты приёмки оказанных услуг, а также другие документы, подтверждающие их исполнение. Это привело к хищению денежных средств на сумму более 28 миллионов рублей.
«Сейчас устанавливаются все обстоятельства произошедшего. Ход расследования находится на особом контроле руководителя следственного управления СК России по Астраханской области генерал-лейтенанта юстиции Ибрагима Могушкова. Уверен, виновные будут наказаны по всей справедливости российского законодательства», — подчеркнул Игорь Бабушкин.