Первое упоминание об озере встречается в документах XVIII века. В то время Волга доходила до самых стен кремля, омывая его со стороны современной улицы Адмиралтейской. Считается, что примерно отсюда в крепость входил сам Пётр I.
Со временем на месте будущего озера образовался Скаржинский канал. В конце XVIII века он начал мельчать и было принято решение засыпать основную часть протоки. Так началось формирование озера.
В 20-е годы прошлого века на водоёме была установлена дамба и водилось много рыбы. В таком виде он простоял до 50-х годов. В 1960 году в честь юбилея Астрахани город посетил первый секретарь ЦК КПСС Никита Хрущёв. Перед приездом лидера в озеро выпустили лебедей и поставили домик. Так оно и получило своё название.
В это время на берегу возвели планетарий, который быстро приобрёл популярность и стал одним из самых любимых мест у астраханцев. Впрочем, так же как и Лебединое озеро. Оно по сей день привлекает множество людей. Сегодня это уникальная достопримечательность для туристов, живая фотозона, а главное — возможность видеть прекрасных птиц в тёплый сезон.