Морской ракушечный остров уже почти сотню лет служит постоянным местом гнездования крупной колонии чайковых птиц. Появился он в 30-х годах прошлого века на месте подводной отмели в северо-западной части Каспийского моря в период морской регрессии. И так уж совпало, что ровный рельеф и особенности поверхности отлично подходят для размножения чаек и крачек.
Регулярно на Малом Жемчужном гнездятся четыре вида: черноголовый хохотун, чеграва, хохотунья и пестроносая крачка. Небольшие размеры острова заставляют их селиться рядом друг с другом и занимать всю его площадь. В некоторые годы отмечалось гнездование не менее 40 тысяч особей за сезон.
С 1970-х годов сотрудники Астраханского заповедника ведут регулярные наблюдения. А с 2016 года орнитологи проводят ежегодные учёты гнездовой численности птиц и анализируют особенности миграционных процессов. Благодаря этому в 2022 году орнитологи впервые обнаружили на Малом Жемчужном несколько гнёзд кудрявых пеликанов.
В апреле этого года гнездовая численность этих птиц увеличилась. Следовательно, усилилась и значимость острова как памятника природы федерального значения и места гнездования краснокнижных видов.